L'AUA sostituisce i seguenti titoli abilitativi:

• autorizzazione agli scarichi (Capo II, Titolo IV, Sezione II, Parte III del Decreto legislativo 03/04/2006, n. 152), e in particolare:
  • autorizzazione agli scarichi in acque superficiali o sul suolo di acque reflue industriali, acque reflue assimilate alle domestiche, acque di prima pioggia, acque di lavaggio di aree esterne, acque reflue di dilavamento, acque reflue urbane provenienti da agglomerati
  • autorizzazione agli scarichi in pubblica fognatura di acque reflue industriali, acque reflue assimilate alle domestiche, acque di prima pioggia, acque di lavaggio di aree esterne, acque reflue di dilavamento
  • autorizzazione agli scarichi in acque superficiali e sul suolo di acque reflue domestiche
  • autorizzazione agli scarichi in acque superficiali e sul suolo di acque di prima pioggia unite ad acque reflue domestiche
  • autorizzazione agli scarichi in acque superficiali e sul suolo di acque reflue di dilavamento unite ad acque reflue domestiche
• autorizzazione all'utilizzo dei fanghi derivanti dal processo di depurazione in agricoltura (Decreto legislativo 27/01/1992, n. 99, art. 9) 
• autorizzazione ordinaria alle emissioni in atmosfera (Decreto legislativo 03/04/2006, n. 152, art. 269) 
• autorizzazione generale (in deroga) alle emissioni in atmosfera (Decreto legislativo 03/04/2006, n. 152, art. 272)
• comunicazione o nulla osta previsti in materia di inquinamento acustico (Legge 26/10/1995, n. 447, art. 8, com. 4 e com. 6) 
• comunicazioni in materia di rifiuti per l'esercizio in procedura semplificata di operazioni di autosmaltimento di rifiuti non pericolosi (Decreto legislativo 03/04/2006, n. 152, art. 215) e di recupero di rifiuti, pericolosi e non pericolosi (Decreto legislativo 03/04/2006, n. 152, art. 216)
• comunicazione preventiva per l'utilizzazione agronomica degli effluenti di  allevamento, delle acque di  vegetazione dei frantoi oleari e delle acque reflue provenienti dalle aziende ivi previste (Decreto legislativo 03/04/2006, n. 152, art. 112).

L'AUA deve essere richiesta dal gestore, cioè la persona fisica o giuridica che ha potere decisionale circa l'installazione o l'esercizio dello stabilimento e che è responsabile dell'applicazione dei limiti e delle prescrizioni disciplinate dal Decreto legislativo 03/04/2006, n. 152.

L'AUA va chiesta per gli impianti soggetti a uno dei titoli abilitativi sopra elencati e installati presso:

• le piccole-medie imprese (PMI), così come definite dal Decreto ministeriale 18/04/2005, art. 2
• le grandi imprese (così come chiarito dalla Circolare ministeriale 07/11/2013, n. 49801).

L'AUA non va chiesta:

• per le comunicazioni preventive per l'utilizzazione agronomica degli effluenti di allevamento, delle acque di vegetazione dei frantoi oleari e delle acque reflue (Decreto legislativo 03/04/2006, n. 152, art. 112)
• per impianti soggetti ad Autorizzazione Integrata Ambientale (AIA) 
• per i progetti sottoposti a Valutazione di Impatto Ambientale (VIA) (Decreto legislativo 03/04/2006, n. 152, art. 26)
• per le procedure ordinarie per i rifiuti (Decreto legislativo 03/04/2006, n. 152, art. 208)
• per gli impianti per fonti energetiche rinnovabili (FER) (Decreto legislativo 29/12/2003, n. 387) 
• per le attività soggette alla direttiva "nitrati" (Direttiva comunitaria 12/12/1991, n. 91/676/CEE) 
• per gli impianti asservititi ad attività di bonifica e messa in sicurezza di emergenza (MISE) 
• per gli impianti di depurazione acque reflue urbane, inclusi gli impianti tecnicamente connessi (ad esempio gli sfioratori).

Domanda di rilascio di un nuovo titolo abilitativo

Se l'attività svolta riguarda uno o più dei titoli abilitativi sopra elencati allora è obbligatorio chiedere il rilascio dell'AUA. È sempre facoltà del gestore chiedere il rilascio dell'AUA solo se l'attività svolta è soggetta unicamente a comunicazione e/o ad autorizzazione generale alle emissioni in atmosfera (Decreto del Presidente della Repubblica 13/03/2013, n. 59, art 3, com. 3).

Domanda di rinnovo o modifica sostanziale di un titolo abilitativo già rilasciato

La Circolare ministeriale 07/11/2013, n. 49801 chiarisce che nei casi di rinnovo e di modifica sostanziale (variazione considerata sostanziale ai sensi delle normative di settore perché può produrre effetti negativi e significativi sull'ambiente): 

• se l'attività svolta è soggetta a comunicazioni e al possesso di titoli di carattere autorizzatorio, alla scadenza o alla modifica sostanziale della prima comunicazione o del primo titolo abilitativo di carattere autorizzatorio è obbligatorio chiedere il rilascio dell'AUA
• se l'attività svolta è soggetta esclusivamente al possesso dell'autorizzazione generale alle emissioni in atmosfera e al possesso ad altri titoli abilitativi di carattere autorizzatorio, è sempre facoltà del gestore chiedere il rilascio dell'AUA, mentre per gli altri titoli abilitativi è obbligatorio chiedere il rilascio dell'AUA
• se l'attività svolta è soggetta esclusivamente al possesso dell'autorizzazione generale alle emissioni in atmosfera, alla scadenza o alla modifica sostanziale del titolo è sempre facoltà del gestore chiedere il rilascio dell'AUA.
• se l'attività svolta è soggetta unicamente a comunicazioni, alla scadenza o alla modifica sostanziale della prima comunicazione è sempre facoltà del gestore chiedere il rilascio dell'AUA.

L'AUA ha durata di 15 anni dalla data di rilascio e il suo rinnovo deve essere richiesto entro sei mesi dalla data di scadenza.

Le disposizioni non si applicano ai procedimenti di voltura (cambio di denominazione del soggetto titolare del titolo abilitativo) e di modifica non sostanziale (variazione al progetto, già autorizzato, realizzato o in fase di realizzazione o dell'impianto, che può produrre effetti sull'ambiente). Pertanto questo tipo di istanze devono essere gestite secondo la disciplina prevista dalla normativa settoriale, quindi direttamente dalle Autorità competenti (Decreto del Presidente della Repubblica 13/03/2013, n. 59, att. 6, com. 1).